Mediante resolución del Consejo Directivo, la Superintendencia Nacional de Educación Superior Universitaria ( ) dispuso como medida preventiva a la Universidad Nacional Federico Villarreal el desconocimiento de los vicerrectores de dicha casa de estudios para efectos de todos los procedimientos administrativos, registros, bases de datos y toda actuación que se lleve a cabo ante la Sunedu. Del mismo modo, la dispuso aplicar una medida similar en el caso de la Universidad Nacional San Luis Gonzaga de Ica (UNICA) desconociendo a los vicerrectores de la casa de estudios.

El mandato de estas autoridades culminó el 1 de enero de 2016, y a diferencia del caso de la Universidad Nacional Mayor de San Marcos, no han dado muestras de culminar con el proceso de adecuación según lo dispuesto por y la Guía de Adecuación. En el caso de la Universidad Nacional Federico Villarreal, a la fecha, la institución no ha cumplido con elegir al Rector y Vicerrectores, pese a la medida que adoptó la Sunedu de desconocer al rector José Viaña Pérez. Actualmente, han informado que las elecciones para elegir a estas autoridades se realizarán en setiembre de 2016, a pesar de que el plazo venció el 31 de diciembre de 2015.

En el caso de la Universidad San Luis Gonzaga de Ica, esta institución educativa tampoco ha dado muestras de avanzar en el proceso de adecuación. En particular, concedió una licencia temporal sin goce de haber al Sr. Encinas dejando encargada la función de Rector al vicerrector administrativo. De esta manera, el señor Encinas retomaría sus funciones como "Rector" nuevamente en abril de 2016, pese a que su mandato ya se encuentra vencido al 01 de enero de 2016 y ha sido desconocido por SUNEDU para efecto de todos los procedimientos administrativos ante esta entidad, hecho contrario a lo dispuesto en la Ley Universitaria y contrario también al inicio del proceso de reforma educativa.

Por otro lado, la ha garantizado que en el más breve plazo se adecuará a la ley universitaria. A ese efecto, ha publicado en su página web institucional la relación de docentes principales más antiguos en la categoría, así como la lista de estudiantes que ocupan los diez primeros puestos en las tres facultades con mayor población estudiantil. De acuerdo a disposiciones normativas, esta información servirá de referencia para que se pueda auto convocar el Comité Electoral Universitario Transitorio Autónomo (CEUTA) que tendrá a su cargo conducir el proceso para elegir a los 36 miembros de la Asamblea Estatutaria responsable de elaborar los Estatutos.

La respeta la autonomía universitaria y no interviene en el proceso de designación, ni elección de sus autoridades. La autonomía universitaria es un precepto de la Ley y de la Constitución, y como tal la SUNEDU no tiene ningún tipo de participación ni injerencia en la gestión interna de las universidades. Es la comunidad universitaria quienes eligen y designan a sus autoridades. Al respecto, la reconocerá la firma de aquellas autoridades interinas cuya designación cumpla con los criterios de legalidad dispuestos en los estatutos de cada universidad y en la ley universitaria.

Asimismo, la reafirma su compromiso de velar por la mejora de la calidad educativa superior universitaria para beneficio de más de un millón trescientos mil universitarios en nuestro país que deben acceder, en igualdad de condiciones, a una educación de calidad.