Los escándalos de pederastia significaron un problema mayúsculo durante la gestión de . "Soy consciente de que todos hemos sentido vergüenza de los abusos sexuales de menores llevados a cabo por algunos clérigos y religiosos en este país. Lo siento mucho", mencionó el Papa en alguna oportunidad.

Sus disculpas en reiteradas ocasiones se vieron opacadas, dado a que los culpables no fueron llevados ante la justicia. Evidentemente, todo ello pesó sobre el Pontificado de Benedicto XVI. A ello, se suma la fuga de documentos secretos del Vaticano o los 'Vatileaks'.

Calificado por muchos como un tradicionalista conservador, Ratzinger protagonizó en el 2006 un hecho que provocó diversas críticas por parte del mundo musulmán, los ataques hacia la Iglesia Católica no se hicieron esperar.

"Muéstrame qué es lo que Mahoma trajo de nuevo y encontrarás solo cosas malignas e inhumanas, como su precepto de difundir con la espada la fe que predicaba", mencionó el entonces Sumo Pontífice en una universidad alemana. Ante la ola de ataques, Benedicto XVI lamentó que sus palabras fueran malinterpretadas.

Su relación con los judíos también se vio trastocada, luego de que permitiera una misa en latín que incluye una oración por la conversión de los judíos. Quizá fue el levantamiento de la excomunión de Richard Williamson lo que más desazón causó. Williamson aseguró, antes de ser excomulgado, que los judíos eran los enemigos de Cristo y el Holocausto una falsedad, señaló Euronews.com

En 2009, durante un viaje a África, Ratzinger creó una gran polémica, luego de negar que el uso del perservativo sea una alternativa para evitar el SIDA.

Durante su discurso de despedida, Benedicto señaló ante miles de personas que "hubo momentos, tal como se han sucedido en la historia de la Iglesia, en que los mares estuvieron embravecidos y el viento sopló en contra, cuando pareció que el Señor estaba durmiendo".